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2008年06月29日
Linux HPCクラスターの構築（おまけ）：PubMed収載
時間がかかってしまいましたが，BMC Bioinformaticsの論文 が，ようやくPubMedにも収載されたそうです。 PubMedIDは18541045です
が，所属表記に長崎大のメールアドレスがベッタリはってあるではないですか。
あぁ，これで１か月もすれば，こっちのアドレスもSPAMメールのゴミ捨て場の様相を呈するんでしょうか。
Thunderbirdのベイジアンフィルターが，そこそこ賢いので，なんとかなるんですが。
ちなみに，BMC Bioinformatiocsのサイトでは，ユーザー登録しないと，メールアドレスは見られないように なっています。でもこれじゃあ，意味ないですよね。とほほ。
投稿者 hmishima : 22:34 | コメント (2)
2008年06月08日
アイオワン・メーリングリストのご案内
案内をやるやると言って，４ヶ月以上ほったらかしにしていたのですが……。
アメリカ・アイオワ州アイオワシティ（Iowa City），コーラルビル（Coralville）周辺7,000マイルに 住んでいる・住んでいた・なんか興味ある、という日本語ユーザーのアナタのためのメーリングリスト、 Iowan-MLというのを運営しております。
さっぱり投稿しない管理人（ワタシ）のせいで、そんなに流量は多くありませんが、イザというときに 役立つんではないかと思います。ワタシも知る限りの情報を提供いたしますので、 購読希望の方は、ｍｉｓｓｙ＜アットマーク＞ｂｅ．ｔｏまでご連絡ください（手動登録なので 少々お時間いただきます）。
以上、Iowan-MLのご案内でした。ぴんぽんぱんぽん♪
投稿者 hmishima : 20:50
2008年06月06日
Linux HPCクラスターの構築（その３）：論文でました
以前のエントリーに書きました，Linux HPCクラスターの構築ですが， その方法と効果をまとめた論文がBMC Bioinformaticsにpublishされました。
Application of the Linux cluster
for exhaustive window haplotype analysis
using the FBAT and Unphased programs
Hiroyuki Mishima, Andrew C. Lidral, and Jun Ni
BMC Bioinformatics 2008, 9(Suppl 6):S10
BMC Bioinformaticsはいま流行の
open access journal
なので以下より
閲覧・ダウンロードできます。
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/S6/S10
要旨は，exhaustive haplotype analysis（任意の領域のSNP座位に対して， すべてのウインドウサイズや組み合わせで行う徹底的なハプロタイプ分析）では， むちゃくちゃ計算力がいる。かといって，大規模なコンピュータをつかうのは 試行錯誤できないし，使いたい，よく知られた十分に検証済みのソフトには， 並列化されたのがない。そこで，中古パソコンでつくったRocks Cluster/GridEngine ベースの，安価なHPCクラスタ上で，非並列ソフトのFBATとUniphasedに対して， 次々変化させたパラメーターを与えてやることで， 意外といい感じに高速化できましたよ，これなら結構お手軽にできるんじゃない？ というお話。
というわけで，まずは，アイオワでの最初の論文がでました。 よかったよかった。
アイオワでの仕事に関しては，投稿準備中の論文がまだあるので （そのうちひとつは，今回のHPCクラスターを実際に応用した結果について） がんばらなくては……。
追記： University of IowaのJun Ni先生のサイトに Rocks Clustersのインストールメモがありますので，興味のある方は参考にしてください。
投稿者 hmishima : 19:00