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2011年06月06日
NGS現場の会第一回研究会
NGS現場の会という会があります。民間／アカデミアを問わず，次世代シークエンサーに関する知識の共有を目指す集まりです。ワタシはGoogleで検索中に偶然見つけ，参加することにしました。
NGS現場の会は，これまで，ネット上での活動をメインにしてきたようですが，ワタシが参加してから間もなく，2011年5月28日から29日まで，熱海にて「第一回研究会」が開かれることがアナウンスされました。これはおもしろそうだぞ！とは思ったのですが，熱海ってどこにあるんだろ・・と調べたところ，品川から新幹線で４０分。長崎からは飛行機＋京急＋新幹線。行けるじゃん。ボスからもＯＫをいただき，参加できることになりました。
今回の参加の最大の目標は，NGS業界の中で，自分は一体どのへんに位置するのかを見極めることでした。結論からいうと，目的は十分に達成できました。自分の興味／レベル／分野の熱さetcを，見極めるというより，体感することができたわけです。
地理的な条件もあり，またそもそもNGS関連の仕事をはじめて長くないこともあり，直にNGSに関して議論する機会というのがこれまであまりありませんでした。ただ，去年の分子生物学会（BMB2010）のバイオインフォマティクス関連のセッションに参加することで，尋常ならざる熱さを感じてはおりました。
では，感想を箇条書きで
【オーラルセッション】企業の方・アカデミアの方・ウェット・ドライ，いろいろあってよかった。最近のNGS業界全体のながれを感じるためにも，口演は必要。時間もちょうどよかったかと。
【ワールドカフェ】八谷さんをはじめとするオーガナイザーのみなさんの志の高さを感じさせられた企画。これは，次回，参加者の多くが一回経験した上でやったらかなりのクオリティになりそう。企業の方々から，率直に各社の技術の利点欠点を語っていただいたのが非常に勉強になり，また，とても健全だと思いました。反省点は，ワタシももっとばりばり模造紙に書き込めばよかったということ。正直，燃えた！
【お食事】周りの方と熱く語ってしまいました。話しっぱなしで失礼しました。
【2次会】これも熱かったです。お酒なしで十分ハイになってました。iPadはこういう会では大活躍ですね。自分のプレゼンテーションをささっと見せられますから。
【部屋割り】5人部屋で，ワールドカフェで関心のある分野ごとにわかれていました。これはいいアイディアです。たくさんお話できて，勉強になりまくりでした。
【ポスターセッション】燃えた。超燃え。そもそも，60人の予定が105名で，全員がポスター発表ですので，密度がぎっしりです。奇数／偶数で前立ちの交代があるのをわかってなくて，あまり他の方のポスター前では議論できなかったのが残念でした（でも全部見ました）。自分のポスターの前では，多くの方に興味をもっていただいて，長い説明をさせていただきました。ごめんなさい。ちなみに，ワタシは，「Pwrakeをつかったヒト変異解析ワークフロー管理」というテーマと追加でBioRuby-UCSC-API https://github.com/misshie/bioruby-ucsc-api/についてのポスターでした。終了時にはけっこう疲労困憊してしまいました。
【収穫】高速Java製リードビューアGenomeJack，アライメントソフトウェアLAST。などなど。
あとこの機会にTwitterを始めることに。ユーザー名はmishimahryk。潔く本名と顔写真を使用。かなり勉強になるし研究に有用なことを発見しました。「情報を出す人間にこそ情報が集まる」。これは，ネット上だと非常にわかりやすいことですが，実はネットに限らず，今回の研究会のような場でも同じだなと感じました。
今後，NGS現場の会を中心とした，情報の流れ，熱気，熱意，などなど，すごいことになるんじゃないかという予感と期待を強く感じさせられました。劇燃えの２日間でした。
投稿者 hmishima : 00:00
2011年06月05日
PLoS ONEに論文が掲載されました
2011/5/31付けでPLoS ONEに論文が掲載されました。PLoS ONEは言わずと知れたOpen Access Journalですので，全文PDFでダウンロードできます。
http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0020589
Identification of Novel Schizophrenia Loci by Homozygosity Mapping Using DNA Microarray Analysis
Naohiro Kurotaki, Shinya Tasaki, Hiroyuki Mishima, Shinji Ono, Akira Imamura, Taeko Kikuchi, Nao Nishida, Katsushi Tokunaga, Koh-ichiro Yoshiura, Hiroki Ozawa
研究にご協力いただいた患者さんとそのご家族に深く感謝申し上げます！
この論文でもRubyとR言語が活躍しております。
投稿者 hmishima : 18:00