定期的な更新をすでにあきらめた感のある当blogですが，依然として著者は生きております。
さて，時のたつのははやいもの。NGS現場の会第二回研究会＠大阪が，満を持して参加申し込み受け付け開始！となりました.
次世代シークエンサーの導入・応用・将来について，アカデミア／企業の垣根をとっぱらって，インフォーマル（夜はお酒も入る）に徹底的に語り明かすことのできる，またとない機会になると思います。
ワタシも，参加登録の管理などの仕事でスタッフとして参加させていただいてます。
詳細は
それでは，５月２３・２４・２５日に大阪／ホテル阪急エキスポパークでお会いしましょう！
（本物の太陽の塔を見られるのも楽しみ♪）
NGS現場の会という会があります。民間／アカデミアを問わず，次世代シークエンサーに関する知識の共有を目指す集まりです。ワタシはGoogleで検索中に偶然見つけ，参加することにしました。
NGS現場の会は，これまで，ネット上での活動をメインにしてきたようですが，ワタシが参加してから間もなく，2011年5月28日から29日まで，熱海にて「第一回研究会」が開かれることがアナウンスされました。これはおもしろそうだぞ！とは思ったのですが，熱海ってどこにあるんだろ・・と調べたところ，品川から新幹線で４０分。長崎からは飛行機＋京急＋新幹線。行けるじゃん。ボスからもＯＫをいただき，参加できることになりました。
今回の参加の最大の目標は，NGS業界の中で，自分は一体どのへんに位置するのかを見極めることでした。結論からいうと，目的は十分に達成できました。自分の興味／レベル／分野の熱さetcを，見極めるというより，体感することができたわけです。
地理的な条件もあり，またそもそもNGS関連の仕事をはじめて長くないこともあり，直にNGSに関して議論する機会というのがこれまであまりありませんでした。ただ，去年の分子生物学会（BMB2010）のバイオインフォマティクス関連のセッションに参加することで，尋常ならざる熱さを感じてはおりました。
では，感想を箇条書きで
【オーラルセッション】企業の方・アカデミアの方・ウェット・ドライ，いろいろあってよかった。最近のNGS業界全体のながれを感じるためにも，口演は必要。時間もちょうどよかったかと。
【ワールドカフェ】八谷さんをはじめとするオーガナイザーのみなさんの志の高さを感じさせられた企画。これは，次回，参加者の多くが一回経験した上でやったらかなりのクオリティになりそう。企業の方々から，率直に各社の技術の利点欠点を語っていただいたのが非常に勉強になり，また，とても健全だと思いました。反省点は，ワタシももっとばりばり模造紙に書き込めばよかったということ。正直，燃えた！
【お食事】周りの方と熱く語ってしまいました。話しっぱなしで失礼しました。
【2次会】これも熱かったです。お酒なしで十分ハイになってました。iPadはこういう会では大活躍ですね。自分のプレゼンテーションをささっと見せられますから。
【部屋割り】5人部屋で，ワールドカフェで関心のある分野ごとにわかれていました。これはいいアイディアです。たくさんお話できて，勉強になりまくりでした。
【ポスターセッション】燃えた。超燃え。そもそも，60人の予定が105名で，全員がポスター発表ですので，密度がぎっしりです。奇数／偶数で前立ちの交代があるのをわかってなくて，あまり他の方のポスター前では議論できなかったのが残念でした（でも全部見ました）。自分のポスターの前では，多くの方に興味をもっていただいて，長い説明をさせていただきました。ごめんなさい。ちなみに，ワタシは，「Pwrakeをつかったヒト変異解析ワークフロー管理」というテーマと追加でBioRuby-UCSC-API https://github.com/misshie/bioruby-ucsc-api/についてのポスターでした。終了時にはけっこう疲労困憊してしまいました。
【収穫】高速Java製リードビューアGenomeJack，アライメントソフトウェアLAST。などなど。
あとこの機会にTwitterを始めることに。ユーザー名はmishimahryk。潔く本名と顔写真を使用。かなり勉強になるし研究に有用なことを発見しました。「情報を出す人間にこそ情報が集まる」。これは，ネット上だと非常にわかりやすいことですが，実はネットに限らず，今回の研究会のような場でも同じだなと感じました。
今後，NGS現場の会を中心とした，情報の流れ，熱気，熱意，などなど，すごいことになるんじゃないかという予感と期待を強く感じさせられました。劇燃えの２日間でした。
2011/5/31付けでPLoS ONEに論文が掲載されました。PLoS ONEは言わずと知れたOpen Access Journalですので，全文PDFでダウンロードできます。
http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0020589
Identification of Novel Schizophrenia Loci by Homozygosity Mapping Using DNA Microarray Analysis
Naohiro Kurotaki, Shinya Tasaki, Hiroyuki Mishima, Shinji Ono, Akira Imamura, Taeko Kikuchi, Nao Nishida, Katsushi Tokunaga, Koh-ichiro Yoshiura, Hiroki Ozawa
研究にご協力いただいた患者さんとそのご家族に深く感謝申し上げます！
この論文でもRubyとR言語が活躍しております。
UCSCゲノムブラウザへのAPIをBioRubyのプラグインとして実装した ライブラリを開発中です。
Jan Aertsさんと，Francesco Strozziさんによる，Ruby-Ensembl-APIとRuby-UCSC-APIを基礎に して作られています。
以下の特徴があります
gem install bio-ucsc-apiでインストールできます。
関連サイトは以下のとおり
まだまだ仮リリースですが，ご意見をいただけると，とてもうれしいです。
神戸ポートアイランドで開かれたBMB2010（分子生物学会／生化学学会） にてポスター発表をしてきました。
タイトルは「Key-value storeを用いた大規模ゲノムデータ処理の高速化」。 Rubyを使ったデータ検索／処理の話で，カラカラにdryな内容です。
分子生物学会に参加するのは，本当に久しぶりでした。合同大会ということもあり， その規模にびっくりしました。また，カバーする範囲も広く，発表のスタイルも， 生化とバイオインフォマティクスではこんなに違うんだなあとおどろきました。
また，ポスター前で，興味をもっていただいた方々をお話できて，舞い上がってしまいました。 一方的に話してどうもすみませんでした…。
とにかく，熱気あふれる（ポスター会場は物理的な熱気でしたが），いい学会でした。
CentOS 5.5/KDE/XVNCの環境でR言語/GNU Rを使っているのですが， X11のウィンドウが他のウィンドウに隠れた際などに必要な再描画をしてくれず， リサイズして強制的に表示させて対処していました。とてもうっとうしいので 解決法を探していたのですが，見つからない。そこでR 2.12.0インストールを期に もういちど解決にチャレンジしてみました。
試行錯誤の結果，どうやらX11(type="nbcairo")とすると，解決するようです。 "nbcairo"はNo Buffered CAIRO を意味します。描画速度も目に見えて速くなりました。
ホームディレクトリの~/.Rprofileに
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
function(...) grDevices::X11.options(type="nbcairo"))
と追加すると，X11()のデフォルトがnbcairoになります。
これが，私の環境の，どのコンポーネントのせいなのか，いまだわかりませんが，一応解決しました。 同じようなトラブルの方もいるやもしれませんので，ここに書いておきます。
UCSCBin 0.2.2
Ruby utility library for UCSC Bioinformatics Genome Browser ( http://genome.ucsc.edu ) including calculation of a BIN index from a genomic interval to speed-up SQL queries, and conversion between 1-based full-closed (for humans) and 0-based half-open (for machienes) intervals.
というわけで
UCSCゲノムブラウザーのMySQLデータベースからの検索で威力を発揮するRubyライブラリを作って RubyGems.orgで公開しました。gem一発でインストールできます。
機能は，物理位置の範囲からBINインデックスを計算すること（範囲を含む最小インデックスを返す，あるいは範囲内の情報を持つ可能性のあるインデックス全てを返すクラスメソッド）と，0-base左閉半開区間と，1-base閉区間（こっちが普通の範囲）を変換するクラスメソッドを実装してます。
普段はつかわないと思うのですが，512Mbase以上の位置のためのExtended indexは未サポートです。