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2012年09月

2012年09月13日

Cytoscapeで華麗なベン図・オイラー図を描く

バイオインフォマティクス長崎研究生活

* ベン図とオイラー図

ベン図 Venn diagram
集合を直径の等しい円で表す。３つの集合の関係まで図示できる。
オイラー図 Euler diagram
要素の数に応じて面積を変化させて複数の集合の関係を図示する。すべての円が交わる必要はない。

* 使用するツール

以下を使えるようにする。詳しくはGGRKS。
  • Cytoscape v2.8.1
  • プラグイン groupTool v1.3
  • プラグイン VennDiagram v.0.5

* 入力ファイル

タブ区切りで以下のファイルを作成 
MEMBER1	alpha,beta
MEMBER2	alpha
MEMBER3	beta
MEMBER4	gamma
MEMBER5	alpha,beta,gamma
MEMBERX	alpha,beta
MEMBERY	alpha

*インポート

  1. File>New>Network>Empty Network
  2. File>Import>Network from Table (Text/MS Excel)...を選択
  3. Imput Fileで先ほど作ったファイルを指定
  4. Source InteractionでColumn1を指定，Interaction TypeとTarget Interactionはそのまま。
  5. Importをクリック
  6. File>Import>Attribute from Table (Text/MS Excel)...を選択
  7. Imput Fileで先ほど作ったファイルを指定
  8. AttributesはNodeが選択されているのでそのまま
  9. Clumn 2右クリック
  10. ListのList of Stringsを選択し，"List Delimiter is"に","（カンマ）を指定してOK
  11. Importをクリック
  12. Data Panelの"Node Attribute Browser"をえらび「□チェックマーク」アイコンをクリック。"ID", "Colimn1", "Column2", "cytoscape.alias.list"が表示されるはず。ネットワークのノードを複数選択して，うまく属性がインポートされていることを確認。
  13. Plugins>Venn Diagrams...を選択
  14. まずはプラグインを認識させるだけ。Doneをクリック。
  15. Plugins>Group Tool...を選択
  16. Create By Attributesで"Column2"を選択
  17. Select Viewerで"Venn/Euler Diagrams"を選択
  18. beta, gamma, alphaすべてを選択
  19. 左上のアイコンを押すと出力。左から「オイラー図」「ベン図」「テーブル」

euler.png

venn.png

投稿者 hmishima : 17:16