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2011年04月
2011年04月25日
BioRuby plugin:UCSC API
UCSCゲノムブラウザへのAPIをBioRubyのプラグインとして実装した ライブラリを開発中です。
Jan Aertsさんと，Francesco Strozziさんによる，Ruby-Ensembl-APIとRuby-UCSC-APIを基礎に して作られています。
以下の特徴があります
- BioRubyのプラグイン
- O/RマッパーとしてActiveRecordを使用
- クエリ高速化のためにBin Indexを使用します
- 通常の「1-based閉区間」でのゲノム領域の指示方法と，内部で使われる「0-based半開区間」自動的に変換します。
- ローカルにインストールしたMySQLサーバーも使えます
- ローカルにダウンロードした2bitファイルから，リファレンスの塩基配列を得られます
- RSpecをテスティングにつかっています
- Hg19とHg18の完全対応をめざしています
gem install bio-ucsc-apiでインストールできます。
関連サイトは以下のとおり
まだまだ仮リリースですが，ご意見をいただけると，とてもうれしいです。
投稿者 hmishima : 18:00