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2010年10月
2010年10月31日
UCSCBin is now on RubyGems.org
UCSCBin 0.2.2
Ruby utility library for UCSC Bioinformatics Genome Browser ( http://genome.ucsc.edu ) including calculation of a BIN index from a genomic interval to speed-up SQL queries, and conversion between 1-based full-closed (for humans) and 0-based half-open (for machienes) intervals.
* Install : gem install UCSCBin
* RubyGems.org: https://rubygems.org/gems/UCSCBin
* GitHub.com: http://github.com/misshie/UCSCBin
というわけで
UCSCゲノムブラウザーのMySQLデータベースからの検索で威力を発揮するRubyライブラリを作って RubyGems.orgで公開しました。gem一発でインストールできます。
機能は，物理位置の範囲からBINインデックスを計算すること（範囲を含む最小インデックスを返す，あるいは範囲内の情報を持つ可能性のあるインデックス全てを返すクラスメソッド）と，0-base左閉半開区間と，1-base閉区間（こっちが普通の範囲）を変換するクラスメソッドを実装してます。
普段はつかわないと思うのですが，512Mbase以上の位置のためのExtended indexは未サポートです。